La excursión empieza junto al museo, y recorre aproximadamente 2,5 km por el antiguo sendero que conduce al pueblo de Atuén, hasta llegar al sector de Pilcopata. En este punto, el río forma un cañón estrecho, con paredes de piedra y bosques que alcanzan la parte más alta del cañón. La zona es considerada una ampliación del Área de Conservación Privada del Valle de Los Chilchos y un hotspot de observación de aves. En esta ruta se han reportado 101 especies de aves, de las cuales diecisiete se consideran especies clave para los observadores. Asimismo, se encuentran diez especies endémicas del Perú, algunas de distribución restringida y otras en riesgo de extinción.

Las aves suelen ubicarse en los bosques ribereños de la quebrada Atuén, en el borde de la trocha carrozable y en las paredes de roca. Se recomienda buscar las siguientes especies: cóndor andino (Vultur gryphus), loro tumultuoso (Pionus tumultuosus), tucán andino de pecho gris (Andigena hypoglauca), tapaculo de Utcubamba (Scytalopus intermedius), tororoi de corona castaña (Grallaria ruficapilla), reinita citrina (Myiothlypis luteoviridis), candelita de anteojos (Myioborus melanocephalus), tiranillo de ala bandeada (Mecocerculus stictopterus), pitajo de cinturón marrón (Ochthoeca thoracica), tangara de gorro blanco (Sericossypha albocristata), tangara azul y negra (Tangara vassorii), cacique montañés (Cacicus chrysonotus), trogón enmascarado (Trogon personatus), quetzal cabecidorado (Pharomachrus auriceps), entre otras especies.

Esta caminata recorre los restos de tres sitios arqueológicos: La Congona, Cataneo y Molinete. Según cuentan los vecinos más antiguos, estos eran los pueblos donde vivían los habitantes de Leymebamba antes de la llegada de los españoles. El más importante es La Congona, que aún mantiene parte de sus casas circulares. Una de ellas, de gran altura, se encuentra muy bien conservada y está decorada con rombos hechos en piedra al estilo chachapoyas. Tras la conquista española, los pobladores locales fueron reubicados en las pampas de San Miguel, donde actualmente están el museo comunitario de Leymebamba y los restos de la primera iglesia española del pueblo.

La caminata empieza en San Miguel de Leymebamba, a través de un cañón con bosques de árboles nativos y aves como el tucán andino, el quetzal de cabeza dorada y el trogón acollarado. Una vez se llega a Tambillo, la ruta sigue el borde del río La morada hacia la zona de Tajopampa, desde donde se ven los primeros mausoleos. La Petaca cuenta con más de 100 estructuras funerarias en sus inmensas paredes de roca, una de las cuales incluye pinturas rupestres. Algunas investigaciones sugieren que podría ser la tumba de un cacique chachapoyas acusado de envenenar al inca Huayna Cápac. Desde aquí se puede continuar hacia la zona alta para recorrer los restos de Bóveda, una serie de andenes de cultivo circulares aún poco estudiados, y luego ver de cerca los mausoleos de Diablo Huasi, al otro lado del río.

La estrella de las caminatas es la ruta a la Laguna de los Cóndores. Para hacerla, es necesario dormir la noche previa en Leymebamba y, al día siguiente, iniciar el recorrido de los más de cuarenta kilómetros que separan el museo de la laguna. Esta distancia se recorre en un solo día. Se trata de una caminata exigente, fuera de las rutas turísticas comunes. El paso más alto es La Fila, a 3800 m s. n. m. Es recomendable hacer algunos tramos con los caballos que ofrece la asociación de turismo de la comunidad. Al llegar, es posible cruzar la laguna de más de 3 km de largo en bote, o rodearla a pie, y luego subir la pendiente para visitar los mausoleos donde se encontraron las momias que hoy están en exposición en el museo.